Si l'intolérance et l'allergie alimentaires sont deux réactions anormales à l'ingestion d'un aliment ou d'un additif alimentaire, elles sont bien distinctes et tout à fait différentes l'une de l'autre. L'allergie est une réaction immunologique avec médiation par les IgE, alors que l'intolérance désigne une réaction dont l'origine peut-être immunologique (sans médiation par les IgE), pharmacologique (tyramine, histamine), ou encore enzymatique (intolérance au lactose). L'allergie se caractérise par une réaction immédiate et aigue, alors que l'intolérance est une réaction retardée et chronique. L'allergie requiert une éviction définitive de l'aliment concerné alors que l'intolérance peut être traitée par une éviction temporaire du régime alimentaire. Enfin, selon la British Allergy Foundation, l'allergie alimentaire classique affecterait 3% de la population Européenne et Nord-Américaine, alors que l'intolérance alimentaire affecterait...45% de cette même population.
Les mécanismes précis de l'intolérance alimentaire ne sont pas encore totalement compris. Les recherches dans ce domaine ont toutefois montré que l'intolérance alimentaire pertube les fonctions intestinales: les aliments responsables ne sont pas complètement assimilés et les résidus sont partiellement digérés ou transformés en fragments toxiques qui sont alors reconnus et attaqués en tant que corps étrangers. Le système immunitaire et l'organisme s'en trouvent d'autant affaiblis. En devenant chronique, cette situation conduit à des lésions et des inflammations répétées de certains tissus, à l'apparition de maladies inflammatoires, auto-immunes, et à des phénomènes d'allergie et d'hypersensibilité.
Dans l'intolérance alimentaire, ce n'est pas l'aliment lui-même qui est à l'origine du phénomène, mais son accumulation qui, par une métabolisation défectueuse, va provoquer une inflammation chronique et diffuse dans l'organisme.
Cette inflammation diffuse qui se crée dans l'ensemble de l'organisme, avec des localisations spécifiques et des symptômes différents d’individu à individu, entraîne des manifestations cliniques extrêmement diverses et variées: troubles du système nerveux central (migraines, asthénie, dépression), troubles urinaires (cystites chroniques), respiratoires (congestion nasale, sinusite), musculaires (douleurs articulaires, myalgie), gastro-intestinaux, ou d'ordre général (amygdalites, obésité, crises d'angoisse). La variété des symptômes complique de fait le diagnostic, mais on peut envisager la recherche d'une intolérance alimentaire lorsqu'aucun diagnostic ni traitement n'a pu être établi pour des troubles semblables à ceux des manifestations cliniques sus-mentionnées.